教學模式：先學后教,當堂訓練。學校精神：現實與創新。教學風格：愛與尊重，科學指導。學習風格：獨立合作，勤奮探索。管理模式:“走出去,請進來”。加強與世界各國的溝通與交流,積極擴大對外影響。辦學理念:全面發展打基礎,發展個性育人才。辦學思想:以“三個面向”為指針,融古今中外百家之長,繼承、借鑒、融合、創新。全面發展打基礎,發展個性育人才。辦學目標:以德育為核心,以培養學生的創新。

學校注重辦學特色的彰顯，深入推進教學改革，舉辦新安醫學教改實驗班，建立臨床客觀結構化考試中心。設立大學生課外科技創新與創業基金；開展“百人獲獎、千人參與、萬人受益”的大學生知識技能競賽和“挑戰杯”等各級各類競賽活動；廣泛開展各類社會實踐活動。2010—2015年學校共有學生200余人次在學術科技與創新創業領域獲省部級以上表彰和獎勵80 余項。學校曾被授予全國大中學生志愿者“三下鄉”社會實踐活動先進集體。近五年以來，學校畢業生平均就業率在94%以上，連續獲得安徽省普通高校就業工作“先進集體”或“標兵單位”稱號。

學校大力推進科技強校戰略，積極促進教學水平與人才培養質量的提高。近5年來，學校共承擔各級科研項目1540項，其中包括國家科技支撐計劃項目“新安醫學傳承與發展研究”、以國家重點研發計劃“安徽省高品質道地中藥材規模化種植及精準扶貧示范研究”等國家級項目近200項，取得研究成果310項，獲得省部級以上科技獎勵41項（其中國家科技進步二等獎1項，中華中醫藥學會科技獎一等獎1項，省科技獎一等獎3項）。現有10個省級科技創新團隊，41個省級以上重點實驗室及工程（技術）研究中心。建立了安徽省中藥材科技產業戰略聯盟。學校被國家科學技術部授予“全國科技特派員工作先進集體”稱號，被國家中醫藥管理局授予“中醫藥科技管理工作先進集體”稱號。學校獲中華中醫藥學會“推動中醫藥學術發展特別貢獻獎”。

學校不斷加強產學研用合作，服務地方經濟社會建設能力不斷增強。學校與黃山、亳州、六安、桐城、廬江、績溪、舒城、太和等10余個市縣人民政府簽訂全面合作協議，與華潤三九、江蘇康緣、億帆鑫富、海南海力、廣州一方、安徽濟人藥業等國內知名中醫藥企業簽訂戰略合作協議，建有亳州濟人藥業等40余個產學研合作基地，服務地方經濟社會發展的能力不斷提升。積極為政府在出臺有關中醫藥發展規劃和相關政策提供決策咨詢，學校在國家中藥現代化科技產業（安徽）基地建設中做出了積極貢獻。第一附屬醫院是全省最大的三級甲等綜合性中醫醫院；第二附屬醫院是全國首家也是規模最大的三級甲等針灸專科醫院；第三附屬醫院是國家第三批重點建設的中西醫結合醫院，神經病學研究所附屬醫院是一所國內外有影響的以“肝豆狀核變性診治”為優勢的專科醫院，國醫堂是一所為廣大患者以純中醫方式為主要醫療手段的醫療單位，其都成為開展社會服務的重要力量。

學校與美國、澳大利亞等19個國家和地區的50個醫療和教育機構建立了友好合作關系。1994年獲準招收國外留學生，先后有20多個國家和地區的學員來校攻讀碩士、學士學位以及臨床研修。與美國、瑞典、新加坡、日本、韓國及港澳臺地區的院校開展學者互訪和學生交流活動。

在59年的辦學歷程中，學校逐漸形成了以“至精至誠、惟是惟新”為校訓的優良傳統。目前，學校已發展成一所以中醫藥學科為主，相關學科協調發展，辦學層次齊全，中醫藥特色鮮明的高等中醫藥院校。

面向未來，學校將進一步堅定中醫信念，弘揚中醫精神，秉承“至精至誠、惟是惟新”的理念，實施“質量立校、人才興校、科技強校、特色弘校、文化塑校、和諧融校”的辦學方略，圍繞特色，強化優勢，提升質量，著力培育“精誠是新”中醫藥人才，構筑安徽中醫藥協同創新高地，弘揚“北華佗南新安”中醫藥文化，引領安徽中醫藥事業產業發展，建成富有特色、卓有貢獻、高水平有影響的安徽中醫藥大學，為建設美好安徽、服務人民大眾健康做出更大貢獻。