辦學的目標：讓每個學生都能成功，讓每個教師都能反映自己的價值觀。人際關系：相互的愛，相互支持，相互的歡笑和共同的進步。管理模式：以教師和學生為基礎，運用學校理念規范學校行為，創新學校實踐，引領學校發展。辦學宗旨:為學生的終身發展與幸福生活奠基。立校之本:靠質量求生存,憑特色謀發展、校訓:堂堂正正做人,踏踏實實做事。辦學目標:辦人民滿意的教育。教育思想:敬業就是敬自己,愛生就是愛學校。

南京大學醫學院的前身為中央大學醫學院，創建于 1935年，1949年解放后改名為南京大學醫學院，1951年劃歸部隊系統，1987年經教育部（原國家教委）批準重建，成為教育部直屬的第一所綜合性大學七年制醫學院。2012年入選教育部卓越醫生培養計劃-拔尖創新人才培養計劃，開始試辦八年制醫學教育，目標是培養杰出的領導型臨床學家和醫學科學家，辦學理念和人才培養獨具特色。現設臨床醫學（八年制）、臨床醫學（ 5+3一體化）和口腔醫學（五年制）三個專業。現有臨床醫學和基礎醫學一級學科博士點、口腔醫學一級學科碩士點和臨床醫學博士后流動站，其中普通外科學為國家重點學科，臨床醫學為江蘇省重點學科。美國科技信息所的ESI數據庫最新統計結果顯示：醫學院臨床醫學學科進入全球排名前1%，是南京大學16個進入全球前1%的學科之一。     

以南京鼓樓醫院、南京軍區南京總醫院（金陵醫院）和南京口腔醫院作為附屬醫院，并以南京市各專科醫院作為教學醫院，師資力量雄厚，現有中國工程院院士2人，博士生導師105人，教授116人，副教授150人。近三年獲國家科技進步一等獎1項、二等獎1項，獲教育部高等學校科技進步一等獎5項、二等獎2項。近三年獲國家重大科研項目8項，國家自然科學基金204項，總累計科研經費約1.7億元。

憑借南京大學雄厚的自然科學基礎，濃郁的學術和人文氛圍，本院尤其注重加強學生的基礎理論、創新思維及科研能力和人文素質的培養，教學內容反映現代水平，并開設大量與現代醫學理論和臨床有關的通識通修課，使學生既具有廣博而堅實的生命科學和自然科學基礎，又掌握現代醫學理論和必要的臨床知識與實踐機能。

國際交流頻繁，與澳大利亞西澳大學醫學院、香港中文大學醫學院等簽署學生交流協議，每年遴選優秀學生赴上述大學醫學院進行為期3月和5周的交流。

除了學校的各類獎、助學金外，本院專設有“吳階平基金會優秀貧困大學生助學專項基金”和“校友助學專項基金”等助學金，資助品學兼優、家境貧寒的學生完成學業；還專設有“香港孫明杰基金會威爾曼優秀研究生獎學金”，獎勵優秀研究生。

建院三十周年來，南京大學醫學院已培養二十三屆畢業生，這些畢業生絕大多數在全國各大城市的三級甲等醫院中從事臨床工作，在工作中都有出色的表現，其中一部分在業務上已有所建樹或成為所在單位的骨干。用人單位在評價南京大學醫學院的畢業生時一致認為：該院畢業生基礎扎實、思維敏捷、知識面寬、外語好、計算機能力強，有較強的研究能力和創新能力，并十分關注醫學發展的前沿動態，在醫學臨床和研究領域有很強的競爭力。