自動化工程系是我校“國家中等職業教育改革發展示范校”重點建設專業系之一，四川省機電專業高技能人才培訓基地。設有電氣自動化設備安裝與維修、電子技術應用、機電設備運行與維護、工業機器人運行與維護等專業。本著“以人為本”的思想，強調“知會相融，德技雙馨”的校訓，以“教中學，學中做”為主要教學思想，各專業均擁有完善的實訓環境；教學過程中采用“理論教學與實習教學融通合一、能力培養與工作崗位對接”的一體化教學模式，為專業可持續性發展以及學生良好的職業能力和社會適應能力的培養奠定了基礎。  

自動化工程系已形成一支年齡結構合理、理論基礎扎實、實踐能力突出、專兼結合的專業教學團隊，教師中有四川省電子技術應用專業課改指導委員會成員、碩士研究生、電氣自動化工程師和中高級職稱，“雙師型（一體化）”教師占專任教師90%。教師教學科研水平突出，自主研發的教研設備獲得國家新型專利3項，多次獲得各級各類教育教研、技能大賽獎勵。  

自動化工程系具有維修電工、無線電裝接工、電子產品裝配與調試等職業工種中高級培訓和鑒定資格；同時還具有國家特種作業中低壓電工的上崗證培訓及辦證資格。