石河子大學醫學院最早創辦于1949年，前身是中國人民解放軍第一兵團衛生學校，學校舊址在甘肅天水，在1949年10月份跟隨軍隊進疆，先后經歷了新疆軍區衛校、兵團醫學專科學校、兵團醫學院、石河子醫學院等幾個發展階段，最終升格為石河子大學醫學院。辦學68年來為國家培養各級各類醫藥衛生技術人才，為地方和國家醫藥衛生事業的發展和社會進步作出了貢獻。

學院師資力量雄厚，既有在學術上功底深厚、有較高知名度的學者、專家，也有在專業上頗有建樹的青年學者。學院現有教授56人，副教授120人，講師188人；博士52人，在讀博士74人，碩士133人；碩士生導師316人，兼職博士生導師12人。國家級突出貢獻中青年專家2人，享受國務院特殊津貼專家5人，自治區優秀專家1人。擁有附屬醫院4所（直屬醫院1所，非直屬醫院3所），教學、實習醫院30所，其中三甲醫院10所。學院第一附屬醫院為全國“百佳”醫院。

石河子大學醫學院設有基礎醫學系、護理系、預防醫學系和臨床醫學系、口腔醫學系、醫學影像學系、醫學檢驗系、麻醉學系等8個系，開設臨床醫學、護理學、預防醫學、口腔醫學、醫學影像學、醫學檢驗等6個本科專業，其中臨床醫學為大學特色專業，并在臨床醫學專業基礎上開設診斷病理學、麻醉學等本科專業方向，設有臨床醫學、護理學、醫學影像學、臨床檢驗學、口腔、衛生事業管理6個專科專業。自1998年以來，病理學與病理生理學、生物化學與分子生物學、人體解剖學與組織胚胎學、生理學、免疫學、護理學、流行病學與衛生統計學、社會醫學與衛生事業管理、外科學、內科學、腫瘤學、婦產科學、眼科學、麻醉學等14個碩士學位授予點陸續面向全國招收碩士研究生。學院現有2門自治區級精品課程，3門兵團級精品課程，3個兵團級重點學科，14門大學一類課程， 7個校級重點學科，2個自治區質控中心，1個教育部重點實驗室-新疆地方與民族高發病重點實驗室。

石河子大學醫學院廣泛開展對外交流與合作。2007年省部共建教育部重點實驗室-新疆地方與民族高發病實驗室通過專家評估，成為教育部重點實驗室，并與復旦大學遺傳工程國家重點實驗室、美國阿拉巴馬州大學分子醫學實驗室等建立了長期協作關系，力爭成為兵團和自治區的醫學研究與科研開發中心。2001年6月，國家教育部指定北京大學對口支援石河子大學。作為石河子大學的重點發展學院，我院也與北京大學醫學部（原北京醫科大學）建立了全面協作關系。截至2012年，學院與美國阿拉巴馬大學醫學院、北京大學醫學部、華中科技大學同濟醫學院、上海第二醫科大學、復旦大學上海醫學院、武漢大學醫學院等國內外醫科院校建立了校際交流合作關系。