所謂的學校經營理念是教育觀念依賴的概念。是校長關于如何辦好學校的想法的總結。從某種意義上說，經營學校的想法是學校生存動機，生存勢頭和生存期望的有機組成部分。經營學校的概念是學校的靈魂，它包括這所學校的辦學宗旨、辦學目標、辦學策略，具體體現在校訓、校風、校規、校歌、教育理念、辦學宗旨、育人取向、培養目標、精神偶像、育人途徑、學風建設、教師形象、校園文化等許多方面。

安徽醫科大學為省屬重點大學，是教育部、國家衛健委和安徽省共建高校，安徽省第一批地方特色高水平大學，第一批綜合改革試點學校。

學校前身是1926年創辦于上海的私立東南醫科大學，1930年更名為東南醫學院，1949年底響應中共中央華東局“面向農村，走向內地”號召，內遷安徽懷遠，成為安徽省第一所高等醫科院校。1952 年遷址合肥，改名為安徽醫學院。1985年更名為安徽醫科大學。

學校將現代著名教育家蔡元培先生的題詞“好學力行，造就良醫”確立為校訓，弘揚“愛國愛民，獻身人類健康”的光榮傳統，秉承“興國、奉獻、仁愛”的育人理念，倡導踐行“求真、求精、求新”的優良學風，致力于建設高水平醫科大學。

學校現有梅山路校區、翡翠路校區、東校區（在建）、巢湖臨床醫學院院區等4個主要校區，校園占地面積1820畝。有直屬教學機構16個，直屬附屬醫院6所（第一附屬醫院、第二附屬醫院、第四附屬醫院、附屬巢湖醫院、附屬阜陽醫院、安徽省口腔醫院）。

現有在校全日制普通本科生11943人，全日制研究生3934人，留學生407人，成人本專科生（業余）17679人。在職教職醫護員工11426人，其中校本部在職教職工1253人，專任教師702人，專任教師隊伍中具有博士、碩士學位的教師占92%。

學校以醫學為主，醫學、理學、工學、管理學、法學等學科協調發展。設有臨床醫學（“5+3”一體化）等31個本科專業。擁有臨床醫學、藥學、基礎醫學、公共衛生與預防醫學4個博士學位授權一級學科點， 35個博士學位授權二級學科點；有13個碩士學位授權一級學科點，63個碩士學位授權二級學科點；擁有博士專業學位授予權學科1個，碩士專業學位授予權學科9個。臨床醫學、藥理學和毒理學、分子生物學與遺傳學3個學科進入ESI全球排名前1%。

建有藥學、臨床醫學、公共衛生與預防醫學3個博士后科研流動站。皮膚病與性病學為國家重點學科，中藥藥理學、中醫腫瘤病學為國家中醫藥重點學科，有14個國家臨床重點專科，5個省屬公辦普通本科高校一流學科獎補資金項目，其中臨床醫學、藥理與毒理學獲世界一流學科獎補資金項目，公共衛生與預防醫學、藥學、生物學獲國內一流學科獎補資金項目。3個省級學科建設重大項目，18個省級重點學科。

建有2個教育部重點實驗室， 25個省部級實驗室，是國家藥品臨床研究基地。有1個教育部科技創新團隊，2個安徽省科技創新團隊，3個安徽省“115”產業創新團隊，3個安徽省高校科研創新平臺團隊，1個安徽省高校智庫。